DNA microsatellites associated with morphological traits in beef cattle

Ciampolini, Roberta and Mazzanti, Elisa and Cianci, Dario (2002) DNA microsatellites associated with morphological traits in beef cattle. Annali della Facoltà di Medicina veterinaria, LV/200 . pp. 205-221. ISSN 0365-4729

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Abstract

SUMMARY The objective of this research was to detect the relationship between DNA microsatellites and morpho-functional traits on Piemontese cattle breed in the attempt to find out major genes and the genomic markers associated with them. A set of 20 microsatellites was analyzed on 47 young double-muscled bulls in a performance test, for which somatic measurements were available. For every allele of each microsatellite, statistical analysis was carried out estimating the significance of the difference between somatic measurements average values of carrying and not carrying subjects. The study revealed numerous microsatellites with alleles significantly linked to positive or negative meat production traits. The most interesting results were represented by INRA 5, INRA 11, INRA 16, INRA 64 and ETH 131. Genomic formulae were examined: this led to originate two furthermost subpopulations that showed to be significantly distant from each other. The greater homogeneity (genetic similarities) was found in the group of subjects with alleles less implicated in meat traits compared to the subjects with positive alleles. The study revealed also that most microsatellites, both in positive and in negative subpopulations, did not respect Hardy-Weinberg proportions, with few microsatellites in clear disequilibrium. Moreover, coefficients for heterozygotes deficiency show the tendency towards homozygosis. RIASSUNTO Scopo del presente lavoro è stato identificare le correlazioni tra microsatelliti e caratteri morfo-funzionali nella razza bovina da carne Piemontese, nel tentativo di evidenziare geni ad effetto maggiore e marcatori genomici ad essi associati. È stato analizzato un panel di 20 microsatelliti su 47 giovani tori a groppa doppia in prova di performance per i quali erano disponibili misurazioni somatiche. Per ciascun allele di ciascun microsatellite è stata effettuata l’analisi statistica al fine di saggiare la significatività della differenza tra i valori medi delle misurazioni somatiche di soggetti portatori e non. Lo studio ha rivelato la presenza di numerosi microsatelliti con alleli significativamente associati a caratteri positivi o negativi di produzione della carne. I risultati più interessanti sono forniti dai microsatelliti INRA 5, INRA 11, INRA 16, INRA 64 ed ETH 131. L’esame delle formule genomiche ha portato alla creazione di due sottopopolazioni estreme tra loro significativamente distanti. L’omogeneità (somiglianza genetica) maggiore è stata riscontrata nel gruppo di soggetti portatori degli alleli meno implicati nei caratteri di produzione della carne se confrontati con soggetti portatori degli alleli positivi per tali caratteri. Lo studio ha rivelato, inoltre che la maggior parte dei microsatelliti, sia nella sottopopolazione dei soggetti positivi che in quella dei negativi, non rispettavano le proporzioni di Hardy-Weinberg e che alcuni microsatelliti manifestavano chiaro disequilibrio. In aggiunta, i coefficienti di difetto degli eterozigoti hanno rivelato la tendenza verso l’omozigosi.

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